Sur la base d'inventaires et d'études scientifiques, l'Union Européenne a identifié sur son territoire, les espèces animales et végétales rares et/ou menacées. Celles-ci sont dites « d'intérêt communautaire », et bénéficient de mesures de conservation au titre de Natura 2000.
Le site accueille de nombreuses espèces animales d'intérêt communautaire, visibles ci-dessous :
Les mammifères
- le Petit rhinolophe (Rhinolophus hipposideros)
- le Grand rhinolophe (Rhinolophus ferrumequinum)
- la Barbastelle d'Europe (Barbastella barbastellus)
- le Murin de Bechstein (Myotis bechsteinii)
- la Loutre d'Europe (Lutra lutra)
Les poissons
- le Saumon atlantique (Salmo salar)
- le Chabot (Cottus gobio)
- la Lamproie marine (Petromyzon marinus)
- la Lamproie de Planer (Lampetra planeri)
Les invertébrés
- le Damier de la succise (Euphydryas aurinia)
- l'Escargot de Quimper (Elona quimperiana)
D'autres espèces animales et végétales patrimoniales sont présentes :
Les mammifères
- Murin à moustache ; Murin de Daubenton ; Murin de Natterer ; Muscardin ; Oreillard gris ; Pipistrelle commmune ; Pipistrelle de Khul ; Sérotine commune ; Martre des pins ; Putois d'Europe ; Musaraigne aquatique ; Campagnol amphibie ; Lièvre ; Hérisson d'Europe ; Ecureuil roux
Les oiseaux
- Aigrette garzette ; Alouette lulu ; Engoulevant d'Europe ; Fauvette pitchou ; Bondrée apivore ; Martin-pêcheur d'Europe ; Pic noir
Les poissons
- Anguille d'Europe
Les reptiles
- Couleuvre à collier ; Lézard vivipare ; Vipère péliade
Les amphibiens
- Grenouille agile ; Grenouille rousse ; Grenouille verte ; Salamandre tachetée ; Triton palmé ; Triton marbré
Les insectes
- le carabe à reflets d'or ; le miroir
Les espèces végétales