La composition du comité de pilotage Natura 2000 (COPIL) est arrêté par le préfet territorialement compétent au regard de la localisation du site Natura 2000. Il rassemble les administrations et établissements publics de l’État, les collectivités territoriales, les organismes socioprofessionnels et d'experts et valide la démarche d'élaboration du document d'objectifs. Il se réunit aux grandes étapes de l'élaboration du document d'Objectifs et est chargé d’examiner, d’amender et de valider chaque étape d’avancement des propositions faites par l’opérateur et les groupes de travail.
Le site Natura 2000 « Rivière le Douron » est un site inter-départemental. Le préfet du Finistère a été désigné préfet coordonnateur par arrêté ministériel du 25 avril 2008. Margot Borgne, vice-présidente à Morlaix communauté en charge des Espaces naturels a été désignée, au cours de la réunion d'installation du 6 octobre 2010, présidente du comité de pilotage « Rivière le Douron ».
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