La pêche de loisir en rivière attire de nombreux adeptes en Finistère et en Côtes d'Armor. Le Douron, situé dans une vallée très encaissée avec une pente élevée et un couvert végétal important, figure comme une rivière sauvage apparentée à celles du Trégor, au substrat particulièrement granitique. Il est apprécié des pêcheurs tant pour la présence de salmonidés que pour son aspect sauvage (tout comme le Squiriou et le Dour-Uzel, ses principaux affluents).
Toute personne se livrant à l'exercice de la pêche doit justifier de sa qualité de membre d'une association agréée de pêcheurs. Le bassin versant du Douron est situé sur le territoire d'action de l'A.A.P.P.M.A. (Association Agréé pour la Pêche et la Protection du Milieu Aquatique) du pays de Morlaix, qui comptabilisait environ 750 adhérents en 2011.
Chaque année les adhérents s'acquittent d'une taxe piscicole. L'A.A.P.P.M.A. leur délivre alors une carte de pêche autorisant la pêche sur l'ensemble de son territoire (intégrant donc les rives du Douron en Côte d'Armor) et, plus largement, sur l'ensemble du département finistérien (excepté sur les A.A.P.P.M.A. de l'Elorn et de Crozon). Comme les vingt-quatre autres associations, cette A.A.P.P.M.A est adhérente à la fédération départementale pour la pêche et la protection des milieux aquatique du Finistère (F.D.A.A.P.P.M.A. 29).
Sur le site Natura 2000, les pêcheurs, sont principalement des « locaux », notamment du fait des conditions d'accès au cours d'eau assez difficiles et nécessitant une bonne connaissance des lieux. Seule la pêche aux salmonidés est pratiquée (le Douron et ses affluents étant classés cours d'eau de première catégorie piscicole à dominance salmonicole) avec comme principales espèces : le saumon atlantique, la truite fario et la truite de mer. La truite est pêchée majoritairement par les pêcheurs locaux. En revanche, le saumon attire également des pêcheurs du pays de Morlaix, voire des pêcheurs extérieurs, du fait du principe de réciprocité instauré dans le cadre de l'entente halieutique du grand ouest et qui élargit le droit de pêche à de nombreux départements.
Les espèces pêchées sont :
- le saumon atlantique : il est pêché du Ponthou à Pont-Menou, principalement à la cuiller, aux vairons ou aux vers.
- la truite de mer : cette pêche s'effectue sur un linéaire similaire à la pêche au Saumon atlantique.
- la truite fario : pêchée sur tout le linéaire.
Concernant la gestion des abords des cours d'eau, le Syndicat Mixte du Trégor, par le biais du volet milieux aquatiques assure l'entretien et la restauration des cours d'eau. Il assure également l'aménagement des ouvrages hydrauliques nuisant à la continuité piscicole et s'assure de la résorption des accès directs des bovins à la rivière par la mise en place de pompes de prairie. Il participe aux suivis des espèces invasives végétales et à la lutte contre le ragondin. L'A.A.P.P.M.A. de Morlaix prend à sa charge la restauration et l'entretien de certains cours d'eau sur le bassin versant.
