Les milieux forestiers occupent environ 13% du territoire breton dont près des 3/4 sont couverts par les feuillus. En Finistère, ces milieux occupent près de 12% du territoire. Sur le site Natura 2000, la surface boisée représente près de 41% des milieux, soit 1200 hectares.
Sur le site Natura 2000, l'ensemble des propriétés forestières appartient à des propriétaires privés et est parfois très morcelé. Au niveau régional, ces propriétaires ont pour interlocuteur le centre régional de la propriété forestière (C.R.P.F), l'union régionale des forestiers privés de Bretagne et la direction régionale de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt (D.R.A.A.F.).
Les peuplements forestiers présents sont pour la plupart en mélange de taillis et de futaie, peuplés essentiellement de chênes, de hêtres ou de châtaigniers. De nombreux peuplements ne sont pas exploités, ceci s'explique par les conditions topographiques : fort relief et pentes importantes sur une grande partie du site, rendent l'accès et la valorisation difficiles.
Sur le site Natura 2000, on observe de nombreux boisements spontanés, à base de saules, frênes communs, chênes pédonculés..., qui colonisent les vallons humides et les pentes encaissées de la vallée ainsi que les rives des cours d'eau.
Les boisements artificiels se sont développés sur les rives encaissées du Douron à l’initiative de propriétaires privés, dans le cadre d’une politique nationale d’encouragement à la plantation (avec l'aide du Fonds Forestier National). On recense près de 120 hectares de plantations résineuses, principalement autour de Plouégat-Guerrand, Plouigneau, Botshorel et Trémel. Les plantations de feuillus sur le site couvrent une surface de 67 hectares ( dont 53 hectares de peupliers et 14 hectares de feuillus divers).
A l'intérieur du périmètre Natura 2000, plusieurs massifs boisés sont présents, parmi lesquels les bois de Trébriant, de Kernours, de Quilidien ou encore d'Encremer.
Certains de ces sites possèdent un document de gestion durable, celui-ci est établi pour une durée minimale de dix ans ; six plans simple de gestion (P.S.G.) sont en cours de validité (quatre au nord de la RN 12) sur les communes de Plouégat-Guerrand, Plouigneau, Plouégat-Moysan et Trémel et deux au sud, sur les communes de Botsorhel et Guerlesquin.
Les plan simple de gestion les plus conséquents (surface supérieure à 100 hectares), sont ceux des bois d'Encremer (Plouigneau) et de Trébriant (Trémel).
Enfin, à proximité du site Natura 2000 (commune de Guerlesquin), deux propriétés forestières font l'objet d'engagements au titre du code des bonnes pratiques sylvicoles (C.B.P.S.).
La principale production sur le site relève du bois de chauffage. Quelques bois d’œuvre sont produits, mais de manière marginale, notamment depuis les dégâts occasionnés par la tempête de 1987.
